Οι Σπαρ­τιά­τες την χρη­σιμο­ποιού­σαν συ­στη­μα­τι­κά ως την πρώ­τη στην Ι­στο­ρί­α κρυ­πτογρα­φι­κή στρατιω­τι­κή συ­σκευ­ή, τη Σπαρ­τια­τι­κή Σκυ­τά­λη, που α­νά­γε­ται στον πέ­μπτο αιώ­να π.Χ. Η σκυ­τά­λη εί­ναι έ­να ξύ­λι­νο ρα­βδί γύ­ρω α­πό το ο­ποί­ο τυ­λί­γε­ται μια λω­ρί­δα α­πό δέρ­μα ή περ­γα­μη­νή. Ο α­πο­στο­λέ­ας γρά­φει το μή­νυ­μα κα­τά μή­κος της σκυ­τά­λης και με­τά ξε­τυ­λί­γει τη λω­ρί­δα, που τώ­ρα φαί­νε­ται να πε­ριέ­χει μια σει­ρά γράμ­μα­τα χω­ρίς νό­η­μα. Το μή­νυ­μα έ­χει α­να­δια­τα­χθεί. Ο αγ­γε­λια­φό­ρος παίρ­νει τη δερ­μά­τι­νη λω­ρί­δα και, συ­νή­θως, ως ε­πι­πρό­σθε­το στε­γα­νο­γρα­φικό μέ­τρο, την φο­ρά­ει ως ζώ­νη, με τα γράμ­μα­τα κρυμ­μέ­να στη μέ­σα με­ριά. Για να ανα­σύ­ρει το μή­νυ­μα ο πα­ρα­λή­πτης, α­πλώς τυ­λί­γει τη δερ­μά­τι­νη λω­ρί­δα γύ­ρω από μια σκυ­τά­λη ί­διας δια­μέ­τρου με αυ­τή που χρη­σι­μο­ποί­η­σε ο α­πο­στο­λέ­ας. Το 404 π.Χ. πα­ρου­σιά­στη­κε στο Σπαρ­τιά­τη Λύ­σαν­δρο έ­νας αγ­γε­λια­φό­ρος, κατα­μα­τω­μέ­νος και τα­λαι­πω­ρη­μέ­νος, έ­νας α­πό τους πέ­ντε μό­λις που ε­πέ­ζη­σαν ύστε­ρα α­πό έ­να ε­ξο­ντω­τι­κό τα­ξί­δι α­πό την Περ­σί­α. Ο αγ­γε­λια­φό­ρος πα­ρέ­δω­σε τη ζώ­νη του στο Λύ­σαν­δρο, που την τύ­λι­ξε γύ­ρω α­πό τη σκυ­τά­λη του και έ­τσι έμα­θε ό­τι ο Πέρ­σης σα­τρά­πης Φαρ­νά­βα­ζος σχε­δί­α­ζε να του ε­πι­τε­θεί. Χά­ρη στη σκυ­τά­λη, ο Λύ­σαν­δρος ή­ταν προ­ε­τοι­μα­σμέ­νος για την ε­πί­θε­ση και την α­πέ­κρουσε.

Οι αρ­χαιό­τε­ρες μνεί­ες της μυ­στι­κής γρα­φής ή της ε­πι­κοι­νω­νί­ας με κρυ­πτογρά­φη­ση α­νά­γο­νται στον Η­ρό­δο­το, τον ‘‘πα­τέ­ρα της Ι­στο­ρί­ας’’. Στα κείμε­νά του ο Η­ρό­δο­τος κα­τέ­γρα­ψε τις συ­γκρού­σεις α­νά­με­σα στην Αρ­χαί­α Ελ­λά­δα και την Περ­σί­α τον 5ο αιώ­να π.Χ., οι ο­ποί­ες ή­ταν η α­ντι­πα­ρά­θε­ση της ε­λευ­θε­ρίας με τη δου­λεί­α, των α­νε­ξάρ­τη­των ελ­λη­νι­κών πό­λε­ων-κρα­τών με τους δε­σποτι­κούς Πέρ­σες. Κα­τά τον Η­ρό­δο­το, η τέ­χνη της μυ­στι­κής γρα­φής ή­ταν ε­κεί­νη που έ­σω­σε την Ελ­λά­δα α­πό το να την κα­τα­κτή­σει ο Ξέρ­ξης, ο Μέ­γας Βα­σι­λεύς, ο δυνά­στης των Περ­σών. Η μα­κραί­ω­νη έ­χθρα α­νά­με­σα στην Ελ­λά­δα και την Περ­σί­α κο­ρυ­φώ­θη­κε α­μέ­σως με­τά την πε­ρί­ο­δο που ο Ξέρ­ξης άρ­χι­σε να χτί­ζει τη νέ­α πρω­τεύ­ου­σα του βα­σι­λεί­ου του, την Περ­σέ­πο­λη. Ει­σφο­ρές και δώ­ρα κα­τέ­φθα­ναν α­πό ό­λα τα ση­μεί­α της αυ­το­κρα­το­ρί­ας και τα γει­το­νι­κά κρά­τη, με ε­ξαί­ρε­ση την Α­θή­να και τη Σπάρ­τη. Α­πο­φα­σι­σμέ­νος να πά­ρει εκ­δί­κη­ση για αυ­τή την α­λα­ζο­νεί­α, ο Ξέρ­ξης άρ­χι­σε να κι­νη­το­ποιεί στρα­τιω­τι­κές δυ­νά­μεις, δη­λώ­νοντας: ‘‘θα ε­πε­κτεί­νου­με την αυ­το­κρα­το­ρί­α της Περ­σί­ας έ­τσι που τα σύ­νορά της να εί­ναι ο ου­ρα­νός του Θε­ού και ο ή­λιος να μη φω­τί­ζει κα­μί­α χώ­ρα που να βρί­σκε­ται πέ­ρα α­πό τα ό­ρια της δι­κής μας’’. Πέ­ρα­σε λοι­πόν τα ε­πό­με­να πέ­ντε χρό­νια συ­γκε­ντρώ­νο­ντας τη με­γα­λύ­τε­ρη πο­λε­μι­κή δύ­να­μη στην Ι­στο­ρία και το 480 π.Χ. ή­ταν έ­τοι­μος να ε­ξα­πο­λύ­σει αιφ­νι­δια­στι­κή ε­πί­θε­ση. Ω­στό­σο η συ­γκρό­τη­ση της περ­σι­κής πο­λε­μι­κής μη­χα­νής εί­χε γί­νει α­ντι­λη­πτή α­πό το Δημά­ρα­το, έ­ναν Έλ­λη­να που εί­χε ε­ξο­ρι­στεί και ζού­σε στα Σού­σα της Περ­σί­ας. Παρά την ε­ξο­ρί­α του, έ­νιω­θε α­κό­μη  νο­μι­μο­φρο­σύ­νη και α­γά­πη προς την πα­τρί­δα και έ­τσι α­πο­φά­σι­σε να στεί­λει μή­νυ­μα, ώ­στε να προ­ει­δο­ποι­ή­σει τους Σπαρ­τιά­τες για το σχέ­διο ει­σβο­λής του Ξέρ­ξη. Η πρό­κλη­ση που α­ντι­με­τώ­πι­ζε ή­ταν πώς να α­πο­στεί­λει το μή­νυ­μα χω­ρίς αυ­τό να υ­πο­κλα­πεί α­πό τους Πέρ­σες φρουρούς.

Γρά­φει σχε­τι­κά ο Η­ρό­δο­τος: “Kα­θώς ο κίν­δυ­νος α­πο­κά­λυ­ψης ήταν με­γά­λος, υ­πήρ­χε μό­νο έ­νας τρό­πος ώ­στε να κα­τορ­θώ­σει να πε­ρά­σει το μή­νυμα: να ξύ­σει το κε­ρί α­πό δύ­ο ξύ­λι­νες πτυσ­σό­με­νες πι­να­κί­δες, να γρά­ψει στο ξύ­λο που υ­πήρ­χε α­πό κά­τω τι σκό­πευε να κά­νει ο Ξέρ­ξης και με­τά να ε­πι­κα­λύ­ψει και πά­λι το μή­νυ­μα με κε­ρί. Με τον τρό­πο αυ­τό οι πι­να­κί­δες, ό­ντας φαι­νο­μενι­κά κε­νές, δε θα προ­κα­λού­σαν προ­βλή­μα­τα με τους φρου­ρούς καθ’ ο­δόν. Ό­ταν το μή­νυ­μα έ­φθα­σε στον προ­ο­ρι­σμό του, κα­νείς δεν ή­ταν σε θέ­ση να μα­ντέ­ψει το μυ­στι­κό, μέ­χρις ό­του η Γορ­γώ, η κό­ρη του Κλε­ο­μέ­νη και σύ­ζυ­γος του Λε­ω­νίδα, κα­τά­λα­βε και εί­πε  στους άλ­λους ό­τι αν έ­ξυ­ναν το κε­ρί θα έ­βρι­σκαν κά­τι γραμ­μέ­νο στο ξύ­λο α­πό κά­τω. Έ­τσι και έ­γι­νε, το μή­νυ­μα α­πο­κα­λύ­φθη­κε και α­ναγνώ­σθη­κε και στη συ­νέ­χεια με­τα­δό­θη­κε και τους υ­πό­λοι­πους Έλ­λη­νες”. Χά­ρη σε αυ­τή την προ­ει­δο­ποί­η­ση, οι ως τό­τε α­προ­ε­τοί­μα­στοι α­μυ­ντι­κά Έλ­λη­νες άρ­χι­σαν να ε­ξο­πλί­ζο­νται. Οι πρό­σο­δοι α­πό τα κρα­τι­κά αρ­γυ­ρω­ρυ­χεί­α, που συ­νήθως δια­νέ­μο­νταν στους πο­λί­τες, διο­χε­τεύ­τη­καν στο ναυ­τι­κό για τη ναυ­πή­γηση δια­κο­σί­ων πο­λε­μι­κών πλοί­ων. Ο Ξέρ­ξης εί­χε χά­σει το ζω­τι­κό πλε­ο­νέ­κτη­μα του αιφ­νι­δια­σμού και στις 23 Σε­πτεμ­βρί­ου του 480 π.Χ., ό­ταν ο περ­σι­κός στό­λος κα­τέ­πλευ­σε στο Μα­ρα­θώ­να, οι Έλ­λη­νες ή­ταν προ­ε­τοι­μα­σμέ­νοι.

Η στρα­τη­γι­κή του Δη­μα­ρά­του για μυ­στι­κή ε­πι­κοι­νω­νί­α, που βα­σί­στη­κε στην απλή α­πό­κρυ­ψη του μη­νύ­μα­τος, δεί­χνει τη δύ­να­μη της κρυ­πτο­γρα­φη­μέ­νης ε­πικοι­νω­νί­ας.

Και πά­λι ο Η­ρό­δο­τος α­να­φέ­ρει έ­να άλ­λο πε­ρι­στα­τι­κό, ό­που η συ­γκά­λυ­ψη ή­ταν αρ­κε­τή για να εγ­γυ­η­θεί την α­σφα­λή δια­βί­βα­ση του μη­νύ­μα­τος. Συ­γκε­κρι­μέ­να κα­τα­γρά­φει την ι­στο­ρί­α του Ι­στιαί­ου, που ή­θε­λε να εν­θαρ­ρύ­νει τον Α­ρι­σταγό­ρα της Μι­λή­του να ε­πα­να­στα­τή­σει κα­τά του Πέρ­ση βα­σι­λιά. Για να δια­βι­βάσει τις ο­δη­γί­ες του με α­σφά­λεια, ο Ι­στιαί­ος ξύ­ρι­σε το κε­φά­λι του αγ­γε­λια­φόρου του, έ­γρα­ψε το μή­νυ­μα στο ξυ­ρι­σμέ­νο του κρα­νί­ο και με­τά πε­ρί­με­νε να ξανα­με­γα­λώ­σουν τα μαλ­λιά. Εν­νο­εί­ται πως ε­κεί­νη την ι­στο­ρι­κή πε­ρί­ο­δο μια κάποια έλ­λει­ψη βια­σύ­νης ή­ταν α­νε­κτή. Ο αγ­γε­λια­φό­ρος, που φαι­νο­με­νι­κά δεν με­τέ­φε­ρε τί­πο­τε το ε­πι­λή­ψι­μο, μπο­ρού­σε να τα­ξι­δέ­ψει α­νε­νό­χλη­τος. Ό­ταν έ­φθα­σε στον προ­ο­ρι­σμό του, ξύ­ρι­σε το κε­φά­λι του, α­πο­κα­λύ­πτο­ντας το μή­νυ­μα στον πα­ρα­λή­πτη του. Η μυ­στι­κή ε­πι­κοι­νω­νί­α που ε­πι­τυγ­χά­νε­ται με την α­πό­κρυψη της ύ­παρ­ξης μη­νύ­μα­τος εί­ναι γνω­στή ως στε­γα­νο­γρα­φί­α, α­πό τις ελ­ληνι­κές λέ­ξεις στε­γα­νός («σκε­πα­σμέ­νος») και γρά­φω. Στη διάρ­κεια των δύ­ο χιλιε­τιών που πέ­ρα­σαν α­πό την ε­πο­χή του Η­ρο­δό­του, διά­φο­ρες μορ­φές στε­γα­νο­γρα­φί­ας χρη­σι­μο­ποι­ή­θη­καν α­νά τον κό­σμο. Η στε­γα­νο­γρα­φί­α πε­ρι­λαμ­βά­νει ε­πίσης την πρα­κτι­κή της γρα­φής με α­ό­ρα­το με­λά­νι. Ή­δη τον πρώ­το αιώ­να μ.Χ., ο Πλίνιος ο Πρε­σβύ­τε­ρος ε­ξη­γού­σε πώς το "γά­λα" ε­νός φυ­τού, του θι­θυ­μάλ­λου, μπο­ρού­σε να χρη­σι­μο­ποι­η­θεί σαν α­ό­ρα­το με­λά­νι. Ό­ταν ξε­ρα­θεί το με­λά­νι εί­ναι δια­φα­νές, ό­μως, αν ζε­στα­θεί ε­λα­φρά, γί­νε­ται κα­φέ. Πολ­λά ορ­γα­νι­κά ρευ­στά συ­μπε­ρι­φέ­ρο­νται με πα­ρό­μοιο τρό­πο, ε­πει­δή εί­ναι πλού­σια σε άν­θρα­κα και, ε­πομέ­νως, καί­γο­νται εύ­κο­λα.

Η μα­κρο­βιό­τη­τα της στε­γα­νο­γρα­φί­ας κα­τα­δει­κνύ­ει ό­τι σί­γου­ρα πα­ρέ­χει μια κά­ποια α­σφά­λεια, πά­σχει ω­στό­σο α­πό μια θε­με­λιώ­δη α­δυ­να­μί­α. Αν ο αγ­γε­λιαφό­ρος υ­πο­στεί σω­μα­τι­κή έ­ρευ­να και το μή­νυ­μα α­πο­κα­λυ­φθεί, τό­τε το πε­ριε­χόμε­νο της μυ­στι­κής ε­πι­κοι­νω­νί­ας φα­νε­ρώ­νε­ται α­μέ­σως. Η υ­πο­κλο­πή του μη­νύμα­τος α­κυ­ρώ­νει αυ­το­μά­τως κά­θε α­σφά­λεια. Έ­νας σχο­λα­στι­κός φρου­ρός μπο­ρεί να ψά­ξει κά­θε ά­το­μο που περ­νά­ει τα σύ­νο­ρα και α­να­πό­φευ­κτα θα υ­πάρ­ξουν περι­πτώ­σεις ό­που το μή­νυ­μα α­πο­κα­λύ­πτε­ται. Έ­τσι, λοι­πόν, πα­ράλ­λη­λα με την ανά­πτυ­ξη της στε­γα­νο­γρα­φί­ας ε­ξε­λί­χθη­κε η κρυ­πτο­γρα­φί­α, α­πό το ελ­λη­νικό κρυ­πτός («κρυμ­μέ­νος»). Σκο­πός της κρυ­πτο­γρα­φί­ας εί­ναι να α­πο­κρύ­ψει όχι την ύ­παρ­ξη ε­νός μη­νύ­μα­τος, αλ­λά τη ση­μα­σί­α του, μια δια­δι­κα­σί­α γνω­στή ως κρυ­πτο­γρά­φη­ση. Για να κα­τα­στεί έ­να μή­νυ­μα μη κα­τα­νο­η­τό, με­τα­σχη­μα­τί­ζε­ται σύμ­φω­να με έ­να ει­δι­κό πρω­τό­κολ­λο, που έ­χει συμ­φω­νη­θεί α­πό πριν με­τα­ξύ του α­πο­στο­λέ­α και του πα­ρα­λή­πτη. Έ­τσι, ο πα­ρα­λή­πτης μπο­ρεί να α­να­στρέ­ψει το πρω­τό­κολ­λο με­τα­σχη­μα­τι­σμού και να κά­νει το μή­νυ­μα κα­τα­νο­η­τό. Το πλε­ο­νέκτη­μα της κρυ­πτο­γρα­φί­ας εί­ναι ό­τι, α­κό­μη και αν ο ε­χθρός υ­πο­κλέ­ψει το κρυπτο­γρα­φη­μέ­νο μή­νυ­μα, δεν μπο­ρεί να το δια­βά­σει. Αν δεν γνω­ρί­ζει το πρω­τόκολ­λο με­τα­σχη­μα­τι­σμού, θα του εί­ναι δύ­σκο­λο, αν ό­χι α­δύ­να­το, να α­να­συν­θέ­σει το αρ­χι­κό μή­νυ­μα α­πό το κρυ­πτο­γρα­φη­μέ­νο κεί­με­νο. Πα­ρό­τι η στε­γα­νο­γρα­φία και η κρυ­πτο­γρα­φί­α εί­ναι α­νε­ξάρ­τη­τες η μί­α α­πό την άλ­λη, εί­ναι δυ­να­τό να συν­δυα­στούν, ώ­στε να με­γι­στο­ποι­η­θεί η α­σφά­λεια ε­νός μη­νύ­μα­τος. Α­πό τους δύ­ο κλά­δους της μυ­στι­κής ε­πι­κοι­νω­νί­ας, η κρυ­πτο­γρα­φί­α εί­ναι ο πιο ισχυ­ρός, ε­ξαι­τί­ας της ι­κα­νό­τη­τάς της να ε­μπο­δί­ζει το να πέ­φτει η πλη­ρο­φο­ρία σε ε­χθρι­κά χέ­ρια.

Η κρυ­πτο­γρα­φί­α με τη σει­ρά της μπο­ρεί να δια­κρι­θεί σε δύ­ο κλά­δους, τη με­τά­θε­ση και την υ­πο­κα­τά­στα­ση. Στη με­τά­θε­ση, τα γράμ­μα­τα του μη­νύ­μα­τος α­πλώς αλ­λά­ζουν θέ­σεις και έ­τσι δη­μιουρ­γεί­ται έ­νας α­να­γραμ­μα­τι­σμός. Ό­ταν πρό­κει­ται για πο­λύ σύ­ντο­μα μηνύ­μα­τα, λ.χ. μί­α μό­νο λέ­ξη, η μέ­θο­δος αυ­τή δεν εί­ναι και τό­σο α­σφα­λής, για­τί οι πι­θα­νοί συν­δυα­σμοί των γραμ­μά­των εί­ναι πε­ριο­ρι­σμέ­νοι. Για πα­ρά­δειγ­μα, τρί­α γράμ­μα­τα μπο­ρούν να συν­δυα­στούν με έ­ξι μό­νο δια­φο­ρε­τι­κούς τρό­πους, π.χ. ε­λα, ε­αλ, λε­α, λα­ε, α­ελ, α­λε. Ό­σο ό­μως αυ­ξά­νει ο α­ριθ­μός των γραμ­μά­των, ο α­ριθμός των πι­θα­νών συν­δυα­σμών γί­νε­ται α­στρο­νο­μι­κός, κα­θι­στώ­ντας α­δύ­να­τη την ε­πά­νο­δο στο αρ­χι­κό μή­νυ­μα, ε­κτός αν εί­ναι γνω­στή η α­κρι­βής μέ­θο­δος της α­να­διά­τα­ξης. Ε­ξε­τά­στε, για πα­ρά­δειγ­μα, μια σύ­ντο­μη φρά­ση που να  πε­ριέ­χει 35 μό­λις γράμ­μα­τα. Θα υ­πάρ­χουν πά­νω α­πό 50.000.000.000.000.000. 000.000.000.000.000 δυ­να­τοί συν­δυα­σμοί τους. Αν έ­να ά­το­μο μπο­ρού­σε να ε­λέγ­χει έ­να συν­δυα­σμό α­νά δευ­τε­ρό­λε­πτο και αν ό­λος ο πλη­θυ­σμός του πλα­νή­τη ερ­γα­ζό­ταν νυ­χθη­με­ρόν, θα χρεια­ζό­ταν και πά­λι ό­λη η διάρ­κεια ζω­ής του σύ­μπα­ντος πολ­λα­πλα­σια­σμέ­νη ε­πί χί­λια, για να ε­λεγ­χθούν ό­λοι οι συν­δυα­σμοί. Μια τυ­χαί­α με­τά­θε­ση γραμ­μά­των φαί­νε­ται να πα­ρέ­χει πο­λύ υ­ψη­λό ε­πί­πε­δο α­σφά­λειας, ε­πει­δή ο ε­χθρός που τυ­χόν θα υ­πέκλε­πτε το μή­νυ­μα δε θα μπο­ρού­σε να α­πο­κρυ­πτο­γρα­φή­σει ού­τε μια σύ­ντο­μη πρότα­ση. Ω­στό­σο υ­πάρ­χει έ­να μειο­νέ­κτη­μα. Η με­τά­θε­ση δη­μιουρ­γεί έ­ναν α­πί­στευτα δύ­σκο­λο α­να­γραμ­μα­τι­σμό και, αν τα γράμ­μα­τα έ­χουν α­να­κα­τευ­τεί τυ­χαί­α, χω­ρίς κα­νέ­να σχέ­διο, η α­πο­κρυ­πτο­γρά­φη­ση του μη­νύ­μα­τος εί­ναι α­δύ­να­τη ό­χι μό­νο για τον ε­χθρό, αλ­λά και για τον πα­ρα­λή­πτη. Για να έ­χει λοι­πόν α­πο­τέ­λεσμα η με­τά­θε­ση, η α­να­διά­τα­ξη των γραμ­μά­των θα πρέ­πει να α­κο­λου­θεί έ­να συ­γκε­κρι­μέ­νο σύ­στη­μα, στο ο­ποί­ο θα πρέ­πει να έ­χουν α­πό πριν συμ­φω­νή­σει α­πο­στο­λέ­ας και πα­ρα­λή­πτης, αλ­λά δε θα το γνω­ρί­ζει ο ε­χθρός. Για πα­ρά­δειγ­μα, οι μα­θη­τές στέλ­νουν με­ρι­κές φο­ρές μη­νύ­μα­τα χρη­σι­μο­ποιώ­ντας τη με­τά­θε­ση της δι­πλής σει­ράς, ό­που το μή­νυ­μα γρά­φε­ται ε­ναλ­λάσ­σο­ντας τα γράμ­μα­τα σε δύο χω­ρι­στές σει­ρές, πά­νω και κά­τω. Στη συ­νέ­χεια η α­κο­λου­θί­α γραμ­μά­των της κά­τω σει­ράς προ­σκολ­λά­ται στην α­κο­λου­θί­α γραμ­μά­των της πά­νω και έ­τσι δη­μιουρ­γεί­ται το τε­λι­κό κρυ­πτο­γρα­φη­μέ­νο μή­νυ­μα.   Ο πα­ρα­λή­πτης μπο­ρεί να α­να­συν­θέ­σει το μή­νυ­μα α­πλώς α­να­στρέ­φο­ντας τη δια­δι­κα­σί­α. Υ­πάρ­χουν διά­φο­ρες άλ­λες μορ­φές συ­στη­μα­τι­κής με­τά­θε­σης, ό­πως η με­τά­θε­ση τρι­πλής σει­ράς, ό­που το μή­νυ­μα γρά­φεται αρ­χι­κά σε τρεις χω­ρι­στές σει­ρές α­ντί για δύ­ο. Ε­ναλ­λα­κτι­κά, μπο­ρεί κανείς να α­ντι­με­τα­θέ­σει κά­θε ζευ­γά­ρι γραμ­μά­των, έ­τσι που το πρώ­το γράμ­μα να αλ­λά­ξει α­μοι­βαί­α θέ­ση με το δεύ­τε­ρο, το τρί­το με το τέ­ταρ­το κ.ο.κ.